Los metabolitos son los intermediarios y los productos del metabolismo. Este término se refiere sólo a pequeñas moléculas. Un metabolito primario es aquel que está directamente involucrado en el crecimiento normal, el desarrollo y a reproducción. Un metabolito secundario no está directamente implicado en estos procesos, pero suele tener una importante función ecológica, como por ejemplo sucede con los antibióticos y los pigmentos.